William Joyce sống với con trai Jackson Edward Joyce ở Shreveport, Louisiana (Mỹ). Con gái ông, Mary Katherine, đã mất vì khối u não vào ngày 2 tháng 5 năm 2010 lúc 18 tuổi. Sự trỗi dậy của các vệ thần, một bộ phim lấy cảm hứng từ những câu chuyện mà Joyce kể cho con gái nghe khi còn nhỏ và sau đó được chuyển thể thành bộ sách Những vệ thần của tuổi thơ, được dành riêng để tưởng nhớ con gái ông, với dòng chữ “Dành tặng Mary Katherine Joyce, một Vệ thần Mạnh mẽ và Chân thành” trong phần đề tặng. Nhân vật chính trong phim Epic (cũng dựa trên cuốn sách của Joyce, The Leaf Men and the Brave Good Bugs) được đặt theo tên con gái ông. Vợ ông, Frances Elizabeth Baucum Joyce, một luật sư tại Shreveport, đã qua đời vào ngày 20 tháng 1 năm 2016 ở tuổi 55, sau một thời gian dài chiến đấu với bệnh xơ cứng teo cơ một bên.[6]

Năm 2006, Joyce thành lập Quỹ Katrinarita Gras để quyên góp tiền cho các nạn nhân của cơn bão Katrina và Rita. Thông qua quỹ, ông đang bán các bản in trang bìa Mardi Gras mà ông minh họa cho một số chưa xuất bản của báo The New Yorker. Tất cả lợi nhuận từ hoạt động này sẽ thuộc về các hoạ sĩ và tổ chức nghệ thuật tại Louisiana, Mỹ.